Japanse dwergesdoorns hebben over het algemeen een ondiep wortelgestel. De wortels van de meeste dwergvariëteiten worden slechts ongeveer 30 tot 60 cm diep, hoewel ze zich in de breedte wel 2 tot 3 keer hun hoogte kunnen verspreiden. Dit maakt ze zeer geschikt voor het kweken in containers of planten in kleine tuinruimtes.